El Plan Nacional de Desarrollo 2007-2012 incorporó el apoyo a la inversión en materia de ciencia y tecnología y la integración de los procesos de formación educativa con los de investigación y desarrollo tecnológico, como elementos estratégicos para impulsar el progreso del país. En esa misma sintonía, Nuevo León ha emprendido acciones para mejorar la calidad de la educación.

Esto se refleja en el Programa Estatal de Educación y en la Agenda Estratégica 2007-2009 y se ha concretado con la creación del IIIEPE. En junio de 2007, la Secretaría de Educación del Estado de Nuevo León (SE) y el Sindicato Nacional de Trabajadores de la Educación ﹘representado por las secciones 21 y 50﹘ firmaron la Alianza para la Calidad de la Educación (ACE). Ahí se asentó el compromiso de crear una institución dedicada a impulsar la investigación y los estudios de posgrado en el estado. En enero de 2008, el Dr. Reyes Tamez Guerra, titular de la SE, dio marcha al trabajo que devendría en el IIIEPE. Para ello, un grupo de especialistas indagó sobre el tema educativo, sistematizó la información, y consultó con investigadores y funcionarios, a nivel local, nacional e internacional, expertos en el tema.

El 17 de junio de 2008, el licenciado José Natividad González Parás, Gobernador del estado de Nuevo León, firmó un acuerdo para la creación del Instituto de Investigación, Innovación y Estudios de Posgrado para la Educación (IIIEPE), el cual sería un órgano desconcentrado, adscrito a la Secretaría de Educación del Estado de Nuevo León. Así, el Instituto surgió ante la necesidad de construir soluciones eficaces e innovadoras de los problemas más relevantes del sistema educativo en el estado. Responde al interés del Gobierno estatal por incorporar a Nuevo León en la nueva sociedad del siglo XXI y por hacer de Monterrey la Ciudad Internacional del Conocimiento.