La razón de ser del IIIEPE es mejorar la calidad de la educación de los niños del estado. Su labor consiste en impulsar programas, crear iniciativas pedagógicas, desarrollar proyectos de investigación, innovación y difusión de conocimientos especializados, para ser aplicados principalmente en la educación básica.
Las actividades y proyectos del Instituto tienen un enfoque integral y multidisciplinario; y son impulsados a través de tres programas académicos: Investigación e Innovación para la Mejora de la Calidad Educativa (PIIMCE), Desarrollo Tecnológico y Difusión de Información Especializada (PDT-DIE) y Formación de Profesionales de la Educación (ProForPE).
Asimismo, todas las actividades emprendidas por el Instituto están regidas por cuatro ejes rectores, los cuales constituyen, a grandes rasgos, los aspectos fundamentales del desarrollo intelectual del ser humano:
Las funciones de investigación, innovación y desarrollo tecnológico ofrecidas por el IIIEPE están dirigidas directamente a los maestros, directores y demás actores sociales que llevan a cabo los servicios educativos; sin embargo, su objetivo primordial es el desarrollo educativo de los niños.
