El IIIEPE es un espacio institucional que se orienta a la creación de iniciativas pedagógicas, metodologías, innovadoras y servicios de apoyo académico, para mejorar y fortalecer de manera directa los recursos educativos al alcance de los maestros, los padres de familia, las autoridades educativas y los demás actores sociales comprometidos con el quehacer educativo, dentro del ámbito concreto de las escuelas y demás instituciones educativas.

A través de cada uno de sus programas, el Instituto basa su funcionamiento en el propósito de desarrollar proyectos y servicios sólidamente estructurados; gracias a lo cual, se garantiza que los trabajos que de éste emanan, satisfagan los parámetros de calidad e innovación educativa, así como de las investigaciones que se desarrollan y de las plataformas tecnológicas con las que cuenta a su interior y que a su vez ofrece a las diversas audiencias objetivo del Instituto. 

Es importante señalar que la dinámica del Instituto promueve el trabajo colaborativo entre los diversos programas y otras instituciones, con el fin de mantener un constante intercambio de experiencias que enriquezcan los diversos proyectos que se desarrollan.